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熙宁小课-第165期 | RT-qPCR及NGS检测在呼吸道合胞病毒感染药物临床试验中的应用
发布作者:熙宁生物发布时间:2024-12-25

PART 01

RSV病毒概述


呼吸道合胞病毒(Respiratory Syncytial Virus,RSV)是一种RNA病毒,是急性下呼吸道感染的主要原因。感染好发在秋冬季节。尤其是免疫功能低下的儿童和老年人容易受到严重感染,也是婴幼儿住院的主要原因之一。特别在5岁以下的婴幼儿中,感染率更高,严重威胁儿童健康。


PART 02

RSV感染药物临床实验法规要求


2023年4月,CDE发布的《呼吸道合胞病毒感染药物临床试验技术指导原则》中指出, “对于预防试验,所有发生有症状 RSV 感染 (即预防失败的患者都应接受中心实验室进行的病毒学评估,以确认 RSV感染。” 同时指出“由于可能合并感染,还应进行多种呼吸道病毒的诊断的检测试验。”

在耐药性分析的部分,指导原则指出“应对来自治疗失败患者的基线和失败后分离物进行基因型表征和比较,以确定是否存在耐药病毒,如果存在,则耐药病毒是否存在于基线或患者体内。如果 RSV 分离株的基因型分析确定出现了一种表达新突变的病毒,则应对其进行表型表征。”

因此,对于RSV以及其他常见呼吸道病原体进行分型,溯源进化和耐药分析是RSV药物临床试验中重要的组成部分。


PART 03

RSV病毒检测方法介绍


RSV感染的实验室检测方法包括:

由赛诺菲和阿斯利康共同研发的预防婴儿RSV感染的单克隆抗体Beyfortus (nirsevimab),临床试验中使用RT-PCR,一代测序和二代测序进行了分型鉴定和耐药分析。熙宁|精翰生物拥有完成性能验证的基于PCR和NGS的RSV检测自主方法学,供申办方临床试验使用。


基于RT-qPCR分型及定量分析


参考《人呼吸道合胞病毒感染诊断,CT/CPMA 028-2023》中的附录A(规范性)实验室检测方法A2:核酸检测,进行方法开发。对于提取的核酸样品进行双通道荧光定量RT-PCR方法检测HRSV核酸(N基因)。

标准品为:人呼吸道合胞病毒A型核糖核酸液体室内质控品和人呼吸道合胞病毒B型核糖核酸液体室内质控品。


● 

交叉验证:RSV A或B型引物探针分别与RSV B或A型病毒反应,均无交叉反应,且阴性对照均未检出。

● 

检测灵敏度:RSV A ~21 copies/mL;RSV B~71 copies/mL



表1 交叉验证结果

表2 灵敏度结果

注:RSV A定量分析  

标曲-斜率:-3.489  Y轴截距:40.588  R2:0.995 扩增效率:93.485

注:RSV B定量分析

标曲-斜率:-3.396 Y轴截距:42.731 R2:0.998  扩增效率:96.991


基于二代测序的RSV及呼吸道病原体检测


本检测对包括呼吸道合胞病毒在内的14种呼吸道病原体(呼吸道合胞病毒、新型冠状病毒、流感病毒、普通冠状病毒、副流感病毒、腺病毒、鼻病毒、偏肺病毒、博卡病毒、柯萨奇病毒、肠道病毒、肺炎支原体、肺炎衣原体、肺炎链球菌)基因组全长进行测序。


表3 14种呼吸道病原体信息汇总


病原体测序应用场景:


· 呼吸道病原体感染定性检测;

· 呼吸道病原体分型,溯源,进化分析;

· 耐药呼吸道病原体变异位点分析;

· 标准病原体菌株污染检测。


RSV测序结果报告展示:


图1 病原体种类及占比

注:

1. 由于探针存在非特异性捕获,可能包含部分宿主序列或无法鉴定的序列来源。总体比例<100%;

2. 仅对占比超过5%的病原体基因组重组装及后读分析。


图2 呼吸道合胞病毒菌株分型及质控信息


图3 亲缘关系进化树


PART 04

熙宁生物|精翰生物RSV检测服务优势






熙宁生物|精翰生物具有丰富全面的项目经验

➢  

完善的检测平台,一站式检测服务能力;

➢  

丰富的中和抗体、结合抗体、病毒载量等检测经验;

➢  

高通量的中和抗体评估方法,基于ELISA、Fluorescence、Luminescence;

➢  

丰富的细胞免疫研究经验,ELISpot (IFN-γ, IL-4),ICS (CD3, CD4, CD8, IFN-γ, IL-2, TNF-α, CD40L);

➢  

丰富的基因检测经验,包括呼吸道病原体测序和RSV分型的定量RT-qPCR检测;

➢  

全血稳定剂,将全血分离PBMC时长延长到48小时,解决疫苗临床运营痛点;

➢  

自有P2与合作P3实验室;

➢  

丰富的自主方法学;

➢  

丰富的疾病模型经验,完善的检测服务平台:动物房、流式、生化、细胞、病理等。




高效运营,中美实验室高效协同,支持全球多中心临床




➢  

支持中美、中澳,多中心,大样本量的临床试验;

➢  

丰富的海外样品进口经验。




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